食品微生物检验方法是食品质量管理必不可少的重要组成部分，它是贯彻“预防为主”的方针，可以有效地防止或者减少食物人畜共患病的发生，保障人民的身体健康。食品微生物检验是衡量食品卫生质量的重要指标之一，也是判定被检食品是否食用的科学依据之一。通过食品微生物检验，可以判断食品加工环境及食品卫生情况，能够对食品被细菌污染的程度作出正确的评价，为各项卫生管理工作提供科学依据
        国内外开展微生物检验的食品种类较多，食品分类方法也不尽相同。总的来看涉及微生物检验的食品种类主要有：奶制品、预烹煮食品、饮用水、蛋制品、水果、谷物、婴幼儿食品、肉及肉制品、软体动物、禽肉、贝类、白明胶、香草（药）、即食食品、罐头食品、调味品，粉类制品、豆制品、冷冻饮品、糖果、海鲜、甜点、蔬菜、藻类、食疗食品、米面制品等。
        我国开展微生物检验的重点食品种类为：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冻饮品、糖果、饮用天然矿泉水等，其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。
        目前，我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌3项。
        菌落总数是指食品检样在严格规定的条件下（样品处理、培养基及其pH值、培养温度与时间、计数方法等）培养后，单位重量(g)、容积(mL)或表面积(cm2)上，所生成的细菌菌落总数。
        肠杆菌科的埃希氏菌属，柠檬酸杆菌属，肠杆菌属和克雷伯菌属统称为大肠菌群 。它们均来自人或温血动物肠道，不形成芽孢，在35－37℃条件下发酵乳糖产酸产气的革兰氏阴性杆菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的常居菌，它随着大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品的质量，具有广泛的意义